El juez de lo contencioso-administrativo fue llamado a decidir un litigio sobre la financiación estatal de proyectos de investigación en el campo de las células madre embrionarias, tanto de origen humano como de origen diverso. Los mismos investigadores que habían impulsado el proyecto sobre células humanas (excluyendo la financiación) reconocieron que "la mayor o menor utilidad de la investigación sobre "células madre embrionarias de origen humano" frente a las de cualquier otro tipo puede considerarse en el estado actual de polémica en el debate científico" El Abogado del Estado, en representación del Ministerio de Sanidad, consideró que si no existe una prevalencia reconocida entre los sectores potenciales de investigación, no puede considerarse ilegítima la opción de financiar un sector (investigación sobre células no humanas) en lugar de otro, existiendo una amplia discrecionalidad de la Administración al respecto. Con la Ord. sección VI 59739, el juez administrativo compartía esta tesis, señalando que "la circunstancia de que la ley permita la investigación con embriones humanos con fines terapéuticos y de diagnóstico no obliga a la administración a conceder financiación pública para este tipo de investigación, ya que la elección de los tipos de investigación que pueda ser financiada”.